源資科技2015第六屆AMBER分子動力學模擬軟件培訓班通知

2015第六屆AMBER分子動力學模擬軟件培訓班通知
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

時間：12月25日-12月27日???? 地點：上海交通大學醫學院
? ??

AMBER分子動力學程序包是由加州圣弗蘭西斯科大學(University of California San Francisco,UCSF)的Peter A Kollman和其同事編寫的，程序很全，大約包含60多個程序，相互協調工作。現在已經發展到版本14。AMBER功能涵蓋種類非常多的生物分子，包括蛋白、核算以及藥物小分子。????? 源資培訓研究院至2015年1月成立以來，一直致力于不同科研領域專業軟件培訓，學員人數場場爆滿，培訓現場學習氣氛濃郁，單AMBER培訓班就已在北京,上海，廣州成功的舉辦了五場，已逾230人參加，培訓現場氣氛均非常熱烈，講師都是現場解決學員提出的各種專業問題，并針對性的分析學員需求，提供完美的解決方案。并在培訓結束后，一直在相關群里免費的為學員解決平時科研工作的問題，學員均對培訓班收獲稱贊不已。為此，源資培訓研究院再接再厲，在吸收借鑒前期培訓班的寶貴經驗下，積極采納學員給出的意見和建議，對于培訓班的課程反復討論修改，再三斟酌，也為了讓更多的分子模擬愛好者能有更多的交流機會，源資培訓研究院決定在上海交通大學醫學院舉辦第六屆AMBER培訓班。????? 本次培訓班我們將依然遵循以往的培訓班的優良傳統，邀請業界AMBER專家來為學員授課，對每項技術將分別進行專題講解（包括技術原理講解、案例介紹、軟件上機操作以及最新文獻的展示），邊講邊練，力求讓每位培訓學員都有充足的時間針對每個技術點進行軟件的上機操作，從而更好地滿足用戶不同方面的科研需求。

課程安排：

日 期 ??時 間 ?內 容

12月25日
（第一天）
8:30 – 9:00 ??學員注冊報到 ??領取培訓資料
9:00 – 9:50 ??課程一
An introduction to molecular dynamics simulations
9:50 – 10:40 ??課程二
Overview of Amber program?and Amber force fields
10:40 – 10:50
茶歇，答疑解惑，互動討論
10:50 – 11:30
課程三
Tips for designing a good simulation project
11:30 – 12:00
特邀報告 ?高性能 GPU計算應用方案
12:00 – 13:30
照相留影，午餐，午休
13:30 – 17:30
上機實踐
HIV-1整合酶的動力學模擬

12月26日
（第二天）
9:00 – 9:40
課程一
分子動力學模擬在藥物設計中的應用研究
9:40 – 10:20
課程二
常規分子動力學模擬研究蛋白與配體相互作用
10:20 – 10:30
茶歇，答疑解惑，互動討論
10:30 – 12:00
課程三
藥物與靶標蛋白結合自由能的計算模擬一:MM/PBSA和MM/GBSA
12:00 – 13:30
午餐，午休
13:30 – 14:30
課程四
藥物與靶標蛋白結合自由能的計算模擬二: QM/MM MD 研究蛋白質-配體相互作用
14:30 – 14:45
茶歇，答疑解惑，互動討論
14:45 – 17:30
上機實踐
SMD在靶標蛋白與配體結合及解離中的應用

12月27日
（第三天）
9:00 – 9:40
課程一
分子動力學模擬研究蛋白質大規模構象變化
9:40 – 10:20
課程二
增強型取樣方法的基本原理
10:20 – 10:30
茶歇，答疑解惑，互動討論
10:30 – 12:00
課程三
增強型取樣方法在蛋白大規模構象變化中的應用
12:00 – 13:30
午餐，午休
13:30 – 14:30
課程四
副本互換方法在蛋白質折疊中的應用研究
14:30 – 14:45
茶歇，答疑解惑，互動討論
14:45 – 17:30
上機實踐
副本互換研究小蛋白Trpcage的從頭折疊
?

編輯： 楊俊嶺