- 會議時間: 2020-06-06至 2020-06-07
- 會議地點: 上海
- 電話:13621834129
- 傳真:
- 聯(lián)系人:王老師
- Email: msh088@126.com
- 聯(lián)系地址:
- 會議網(wǎng)址:
用R語言進行科研數(shù)據(jù)挖掘?qū)崙?zhàn)會議(6.6-7 網(wǎng)絡精講班)
無實驗無數(shù)據(jù)沒關(guān)系,用R語言挖掘別人的數(shù)據(jù),發(fā)表自己的文章
兩天一夜高強度實訓,講究實戰(zhàn),所有經(jīng)驗和盤托出
會后贈講課錄像便于反復復習(加密播放不零售,保障學員優(yōu)勢權(quán)利)
第十八期 2020/6/6-7? (兩天&一晚,網(wǎng)絡精講班,微信群長期答疑)
還在認為沒有實驗就不能發(fā)表論文?還在為不精通挖掘GEO,TCGA,SEER的數(shù)據(jù)庫而痛苦不堪?還在為不知道如何找課題找靶點而苦惱?還在為不會那些高大上的圖表而暗自傷神?快來參加莫速乎的科研數(shù)據(jù)挖掘?qū)崙?zhàn)專題學習班吧,挖掘別人的數(shù)據(jù),發(fā)表自己的文章,一次學習,不再報班!
本會議由于帶著明確的目的性去學習R語言,且針對有/無R語言基礎(chǔ)的學員均具有很大寬容性,自開班起就廣受好評。隨著近年來生物信息學技術(shù)的普及,R語言是每個科研工作者都有必要掌握的技能,以往漫無目的的學習R效果不理想,用R去進行科研數(shù)據(jù)挖掘,既學習了R又解決了實際科研問題。
學完課程并掌握后能干什么:
1.沒有課題的時候找到課題,沒有機制的時候挖掘機制
2.為基金申請保駕護航,發(fā)表paper如虎添翼
3.掌握R語言的核心技能,GEO,TCGA,SEER的數(shù)據(jù)處理沒有壓力
4.科研繪圖:以一敵百,高端大氣,私人訂制。
這是一份帶有誠意且注重實戰(zhàn)的數(shù)據(jù)挖掘課程。我們的目標是:一次學習,不再報班。
課程特點:
1.不留秘密,私貨全出,全程只用R語言,關(guān)鍵步驟不隱藏。
2.第一天晚上時間充分利用,增加帶有講師指導的練習,更多的訓練時間,更好的掌握。
3.講最核心的知識,講通用的技能,適合各個專業(yè)。學后可應用到其他數(shù)據(jù)庫的挖掘。
4.實例操作(至少3個套路),讓你快速掌握數(shù)據(jù)挖掘套路。
5.現(xiàn)場完成一篇paper的思路以及圖表。
6.講師陣容強大,內(nèi)容豐富深入
主講人簡介:
果子老師,在生信方面具有豐富經(jīng)驗,本次進行兩天一晚的高強度實操訓練,目標是讓大家一次學習不再報班。講師已在生信網(wǎng)站及公眾號發(fā)布上萬條生信相關(guān)帖子。作為臨床科研工作者,深知無課題之苦,因此愿將所學知識和盤托出,沒有隱藏。致力于給非生信專業(yè)人員普及生物信息學,擅長各種組學的處理,且講課詼諧幽默。
適合人群:
廣大臨床/科研工作者及心有熱血被困囚籠的研究生
課程安排:
第一天
08:30-11:55
R語言基礎(chǔ)知識介紹
R語言數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)以及循環(huán)控制(向量,因子,矩陣,數(shù)據(jù)框,列表,for循環(huán),if控制)
編寫自己的第一個批量處理數(shù)據(jù)的程序
R語言中數(shù)據(jù)框的操作(增刪改查)
真實數(shù)據(jù)的清洗和整理
R包以及bioconductor資源的使用
R包無敵安裝攻略
R語言繪圖系統(tǒng)
R語言的讀入以及寫出數(shù)據(jù)
統(tǒng)一午餐
13:30-17:00
使用卡片復習R語言基礎(chǔ)知識(2天中重復4次)
GEO數(shù)據(jù)庫成套流程實戰(zhàn)(數(shù)據(jù)清洗,熱圖,火山圖,GO分析,KEGG分析,共表達分析)
GEO數(shù)據(jù)便捷實用的GSEA分析
GEO芯片的探針probe轉(zhuǎn)化方法匯總
多個GEO芯片聯(lián)合分析
TCGA數(shù)據(jù)庫背景介紹+閱讀文獻
TCGA相關(guān)的網(wǎng)頁工具匯總學習
介紹不同的癌癥和不同組學
不同的分析套路解讀(WGCNA,signatures,miRNA-mRNA配對或者ceRNA等)
TCGA數(shù)據(jù)分析的軟硬件準備
下載及理解TCGA數(shù)據(jù)(所有數(shù)據(jù))
R制作TCGA表型數(shù)據(jù)臨床三線表
17:00-18:00
統(tǒng)一晚餐
晚上
18:00-21:00
R語言數(shù)據(jù)框的操作練習(掌握tidyr和dplyr)
如何根據(jù)需求繪制一個漂亮的火山圖(學習ggplot2)
使用R語言制作特定腫瘤所有基因表達的數(shù)據(jù)庫
TCGA原始數(shù)據(jù)的下載(GDC的方法和R包方法)
任意癌癥任意基因在癌和癌旁的表達
如果有亞型,在不同亞型中的表達
如果有腫瘤有分期,在不同臨床分期中的表達
單個基因在多個正常組織中的表達
單個基因在多個細胞系中的表達
單個基因在多個腫瘤中的表達
兩個基因的相關(guān)性如何分析
第二天
08:30-11:55
差異分析(從counts數(shù)據(jù)開始整理表達數(shù)據(jù),表達矩陣歸一化,DESeq2)
提取mRNA矩陣
提取IncRNA矩陣
提取MiRNA矩陣
ceRNA網(wǎng)絡構(gòu)建
單基因的GSEA分析
神技能:注釋任何一個基因包括長鏈非編碼RNA
使用多種統(tǒng)計算法定位 signatures cox,lasso回歸
生存分析
繪圖美化
任意癌癥中任意基因的生存分析
任意癌癥中批量生存分析
TCGA文章的框架分析以及復現(xiàn)
答疑環(huán)節(jié)
統(tǒng)一午餐
13:00-16:30
利用GEO和TCGA數(shù)據(jù)庫找到課題
利用GEO和TCGA數(shù)據(jù)庫發(fā)掘下游機制
如何利用GEO和TCGA數(shù)據(jù)庫申請基金
如何利用GEO和TCGA數(shù)據(jù)庫發(fā)表文章
現(xiàn)場完成一篇生信文章的所有圖表
提出科研假設(shè)
根據(jù)科研假設(shè)下載整理數(shù)據(jù)導入R語言
在R語言中清洗和整理數(shù)據(jù)達到對應R包的要求
數(shù)據(jù)處理過程中調(diào)整分析策略
繪制各個部分需要的圖標
時間地點:
第十八期 2020/6/6-7? 使用騰訊會議客戶端進行在線講課(非錄播)(會議時間兩天&一晚)
報名付費成功后,提前發(fā)培訓需要應用到的軟件與課件,并且指導安裝
注冊費用:3400元/人
兩天集中網(wǎng)絡授課,互動性好;
可開具會務,數(shù)據(jù)分析等發(fā)票;
可回放,可免費復聽;
參加培訓的學員可通過微信群繼續(xù)和老師交流,長期獲得答疑機會;
如果本次沒學會,以后還可免費參加本班(疫情過后可免費參加線下培訓)。
主辦單位:上海莫速乎教育投資有限公司、上海荊麥信息科技中心
報名咨詢:王老師? 136 2183 4129 (微信同號) msh088@126.com
歡迎來電來郵件或者微信咨詢索取word函件
聲明:
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