用 R 語言進(jìn)行科研數(shù)據(jù)挖掘?qū)崙?zhàn)會(huì)議（7.11-12 網(wǎng)絡(luò)精講班）

無實(shí)驗(yàn)無數(shù)據(jù)沒關(guān)系，用 R 語言挖掘別人的數(shù)據(jù)，發(fā)表自己的文章
兩天一夜高強(qiáng)度實(shí)訓(xùn)，講究實(shí)戰(zhàn)，所有經(jīng)驗(yàn)和盤托出
會(huì)后贈(zèng)講課錄像便于反復(fù)復(fù)習(xí)（加密播放不零售，保障學(xué)員優(yōu)勢權(quán)利）
第十九期 2020/7/11-12 ?（兩天 & 一晚）
第二十期 2020/8/15-16 ?（兩天 & 一晚）
網(wǎng)絡(luò)精講班（直播授課，非錄播）微信群長期答疑 ?

還在認(rèn)為沒有實(shí)驗(yàn)就不能發(fā)表論文？還在為不精通挖掘 GEO，TCGA，SEER 的數(shù)據(jù)庫而痛苦不堪？還在為不知道如何找課題找靶點(diǎn)而苦惱？還在為不會(huì)那些高大上的圖表而暗自傷神？快來參加莫速乎的科研數(shù)據(jù)挖掘?qū)崙?zhàn)專題學(xué)習(xí)班吧，挖掘別人的數(shù)據(jù)，發(fā)表自己的文章，一次學(xué)習(xí)，不再報(bào)班！

本會(huì)議由于帶著明確的目的性去學(xué)習(xí) R 語言，且針對(duì)有/無 R 語言基礎(chǔ)的學(xué)員均具有很大寬容性，自開班起就廣受好評(píng)。隨著近年來生物信息學(xué)技術(shù)的普及，R 語言是每個(gè)科研工作者都有必要掌握的技能，以往漫無目的的學(xué)習(xí) R 效果不理想，用 R 去進(jìn)行科研數(shù)據(jù)挖掘，既學(xué)習(xí)了 R 又解決了實(shí)際科研問題。?

學(xué)完課程并掌握后能干什么：
1. 沒有課題的時(shí)候找到課題，沒有機(jī)制的時(shí)候挖掘機(jī)制
2. 為基金申請(qǐng)保駕護(hù)航，發(fā)表 paper 如虎添翼
3. 掌握 R 語言的核心技能，GEO，TCGA，SEER 的數(shù)據(jù)處理沒有壓力
4. 科研繪圖：以一敵百，高端大氣，私人訂制。?

這是一份帶有誠意且注重實(shí)戰(zhàn)的數(shù)據(jù)挖掘課程。我們的目標(biāo)是：一次學(xué)習(xí)，不再報(bào)班。

課程特點(diǎn)：
1. 不留秘密，私貨全出，全程只用 R 語言，關(guān)鍵步驟不隱藏。
2. 第一天晚上時(shí)間充分利用，增加帶有講師指導(dǎo)的練習(xí)，更多的訓(xùn)練時(shí)間，更好的掌握。
3. 講最核心的知識(shí)，講通用的技能，適合各個(gè)專業(yè)。學(xué)后可應(yīng)用到其他數(shù)據(jù)庫的挖掘。
4. 實(shí)例操作 (至少 3 個(gè)套路)，讓你快速掌握數(shù)據(jù)挖掘套路。
5. 現(xiàn)場完成一篇 paper 的思路以及圖表。
6. 講師陣容強(qiáng)大，內(nèi)容豐富深入 ?

主講人簡介：果子老師，在生信方面具有豐富經(jīng)驗(yàn)，本次進(jìn)行兩天一晚的高強(qiáng)度實(shí)操訓(xùn)練，目標(biāo)是讓大家一次學(xué)習(xí)不再報(bào)班。講師已在生信網(wǎng)站及公眾號(hào)發(fā)布上萬條生信相關(guān)帖子。作為臨床科研工作者，深知無課題之苦，因此愿將所學(xué)知識(shí)和盤托出，沒有隱藏。致力于給非生信專業(yè)人員普及生物信息學(xué)，擅長各種組學(xué)的處理，且講課詼諧幽默。

適合人群：廣大臨床/科研工作者及心有熱血被困囚籠的研究生 ?

課程安排：
第一天
08:30-11:55
R 語言基礎(chǔ)知識(shí)介紹
R 語言數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)以及循環(huán)控制 (向量，因子，矩陣，數(shù)據(jù)框，列表,for 循環(huán)，if 控制)
編寫自己的第一個(gè)批量處理數(shù)據(jù)的程序
R 語言中數(shù)據(jù)框的操作 (增刪改查)
真實(shí)數(shù)據(jù)的清洗和整理
R 包以及 bioconductor 資源的使用
R 包無敵安裝攻略 R 語言繪圖系統(tǒng)
R 語言的讀入以及寫出數(shù)據(jù)
統(tǒng)一午餐
13:30-17:00
使用卡片復(fù)習(xí) R 語言基礎(chǔ)知識(shí)（2 天中重復(fù) 4 次）
GEO 數(shù)據(jù)庫成套流程實(shí)戰(zhàn)（數(shù)據(jù)清洗，熱圖，火山圖，GO 分析，KEGG 分析，共表達(dá)分析）
GEO 數(shù)據(jù)便捷實(shí)用的 GSEA 分析
GEO 芯片的探針 probe 轉(zhuǎn)化方法匯總
多個(gè) GEO 芯片聯(lián)合分析
TCGA 數(shù)據(jù)庫背景介紹+閱讀文獻(xiàn)
TCGA 相關(guān)的網(wǎng)頁工具匯總學(xué)習(xí)
介紹不同的癌癥和不同組學(xué)
不同的分析套路解讀 (WGCNA，signatures，miRNA-mRNA 配對(duì)或者 ceRNA 等)
TCGA 數(shù)據(jù)分析的軟硬件準(zhǔn)備
下載及理解 TCGA 數(shù)據(jù) (所有數(shù)據(jù))
R 制作 TCGA 表型數(shù)據(jù)臨床三線表　
17:00-18:00
統(tǒng)一晚餐
晚上
18:00-21:00
R 語言數(shù)據(jù)框的操作練習(xí) (掌握 tidyr 和 dplyr)
如何根據(jù)需求繪制一個(gè)漂亮的火山圖 (學(xué)習(xí) ggplot2)
使用 R 語言制作特定腫瘤所有基因表達(dá)的數(shù)據(jù)庫
TCGA 原始數(shù)據(jù)的下載（GDC 的方法和 R 包方法）
任意癌癥任意基因在癌和癌旁的表達(dá)
如果有亞型，在不同亞型中的表達(dá)
如果有腫瘤有分期，在不同臨床分期中的表達(dá)
單個(gè)基因在多個(gè)正常組織中的表達(dá)
單個(gè)基因在多個(gè)細(xì)胞系中的表達(dá)
單個(gè)基因在多個(gè)腫瘤中的表達(dá)
兩個(gè)基因的相關(guān)性如何分析?

第二天
08:30-11:55
差異分析 (從 counts 數(shù)據(jù)開始整理表達(dá)數(shù)據(jù)，表達(dá)矩陣歸一化，DESeq2)
提取 mRNA 矩陣
提取 IncRNA 矩陣
提取 MiRNA 矩陣
ceRNA 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
單基因的 GSEA 分析
神技能：注釋任何一個(gè)基因包括長鏈非編碼 RNA
使用多種統(tǒng)計(jì)算法定位 signatures cox,lasso 回歸
生存分析
繪圖美化
任意癌癥中任意基因的生存分析
任意癌癥中批量生存分析
TCGA 文章的框架分析以及復(fù)現(xiàn)
答疑環(huán)節(jié)
統(tǒng)一午餐
13:00-16:30
利用 GEO 和 TCGA 數(shù)據(jù)庫找到課題
利用 GEO 和 TCGA 數(shù)據(jù)庫發(fā)掘下游機(jī)制
如何利用 GEO 和 TCGA 數(shù)據(jù)庫申請(qǐng)基金
如何利用 GEO 和 TCGA 數(shù)據(jù)庫發(fā)表文章
現(xiàn)場完成一篇生信文章的所有圖表
提出科研假設(shè)
根據(jù)科研假設(shè)下載整理數(shù)據(jù)導(dǎo)入 R 語言 ?????????????????????????????
在 R 語言中清洗和整理數(shù)據(jù)達(dá)到對(duì)應(yīng) R 包的要求
數(shù)據(jù)處理過程中調(diào)整分析策略
繪制各個(gè)部分需要的圖標(biāo) ?
時(shí)間地點(diǎn)：
第十九期 ??2020/7/11-12? ??（會(huì)議時(shí)間兩天 & 一晚）
第二十期 ??2020/8/15-16? ??（會(huì)議時(shí)間兩天 & 一晚）
報(bào)名付費(fèi)成功后，課前發(fā)培訓(xùn)需要應(yīng)用到的軟件與安裝包，并且指導(dǎo)安裝 ???

注冊費(fèi)用：3400 元/人 ?
兩天集中網(wǎng)絡(luò)授課，互動(dòng)性好；
可開具會(huì)務(wù)，數(shù)據(jù)分析等發(fā)票；
可回放，可免費(fèi)復(fù)聽；
參加培訓(xùn)的學(xué)員可通過微信群繼續(xù)和老師交流，長期獲得答疑機(jī)會(huì)；
如果本次沒學(xué)會(huì)，以后還可免費(fèi)參加本班（疫情過后可免費(fèi)參加線下培訓(xùn)）。?

主辦單位：上海莫速乎教育投資有限公司、上海荊麥信息科技中心?

報(bào)名咨詢：王老師 ?136 2183 4129（微信同號(hào)）?msh088@126.com

請(qǐng)來電或者微信聯(lián)系索取電子函件及報(bào)名回執(zhí)表。 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

編輯： 會(huì)議君    來源：丁香園